GC-состав

GC-состав (гуанин-цитозиновый состав, ГЦ-состав) — доля гуанина (G) и цитозина (C) среди всех остатков нуклеотидов рассматриваемой нуклеотидной последовательности. GC-состав может быть определён как для фрагмента молекулы ДНК или РНК, так и для всей молекулы или даже всего генома.

Пара GC соединена тремя водородными связями, тогда как пара AT (аденин — тимин) — двумя. Поэтому ДНК с высоким содержанием GC более устойчива к денатурации в растворе, чем ДНК с низким. Кроме водородных связей, на стабильность вторичной структуры ДНК и РНК влияют гидрофобные или стэкинг-взаимодействия между соседними нуклеотидами, не зависящие от последовательности оснований нуклеиновых кислот.

При проведении ПЦР GC-состав праймера используется для предсказания температуры плавления этого праймера и температуры отжига. Высокий GC-состав праймера позволяет использовать его при высоких температурах отжига.

Вычисление GC-состава

GC-состав обычно представляется в процентном отношении (доля G+C или доля GC) для одной из цепи ДНК или РНК. Процентный GC-состав вычисляется как

$GC\mathrm{\%}=\frac{G+C}{L}\times 100$

где $G+C$ — суммарное количество гуанинов и цитозинов, а $L$ — длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах: $L=A+T+G+C$.

$G+C$ можно также представить в виде вырожденного кода как $S$, тогда

$GC\mathrm{\%}=\frac{S}{L}\times 100$

Сравнения смещений в нуклеотидном составе для рамки в 2000 нуклеотидов.

Сравнения смещений в нуклеотидном составе для рамки в 100 нуклеотидов.

Вычисление смещений в нуклеотидном составе

GC-состав является частным случаем отклоненийШаблон:Прояснить (Шаблон:Lang-en) в нуклеотидной последовательности тех или иных нуклеотидных оснований или групп оснований.

Например, отклонение по отношению пуринов (суммы всех гуанинов и аденинов) к длине цепи ДНК или РНК в нуклеотидах (доля G+A или доля GA) можно вычислить в процентном отношении :

$GA\mathrm{\%}=\frac{G+A}{L}\times 100$

где $G+A$ — суммарное количество гуанинов и аденинов, а $L$ — длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах: $L=A+T+G+C$.

$G+A$ можно также представить в виде вырожденного кода как $R$, тогда

$GA\mathrm{\%}=\frac{R}{L}\times 100$

Аналогично, для пиримидинов (цитозина и тимина):

$CT\mathrm{\%}=\frac{C+T}{L}\times 100=\frac{Y}{L}\times 100$

где $C+T$ есть сумма всех цитозинов и тиминов, тогда как $L$ есть длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах.

• Отклонение по отношению суммы всех гуанинов к сумме всех цитозинов или наоборот (сдвиг по отношению суммы всех цитозинов к сумме всех гуанинов):

  $GCskew=\frac{G-C}{G+C}$

  Данная величина — GC skew — может быть положительной (если количество гуанина выше количества цитозина), отрицательной (в противном случае) или равна 0 (когда количество гуанина и цитозина одинаково).

• Аналогично можно вычислить отклонение по отношению суммы всех аденинов к тиминам или наоборот (суммы всех тиминов к аденинам):

  $ATskew=\frac{A-T}{A+T}$

  Данная величина — AT skew — будет положительным, если количество аденина выше количества тимина, отрицательным в противном случае, или равна 0, когда суммы аденинов A и тимина T равны.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех гуанинов и всех цитозинов, по отношению к сумме всех аденинов и тиминам или наоборот (аденинов и тиминов по отношению к сумме всех гуанинов и цитозинов):

  $SWskew=\frac{S-W}{L}$

  где $S$ есть сумма всех гуанинов и цитозинов, тогда как $W$ есть сумма всех аденинов и тиминов.

• Вычисление общего отклонения всех пуринов к пиримидинам или наоборот (всех пиримидинов ко всем пуринам), в цепи ДНК:

  $RYskew=\frac{R-Y}{L}$

  где $R$ есть сумма всех гуанинов и аденинов, тогда как $Y$ есть сумма всех цитозинов и тиминов.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех цитозинов и всех аденинов, по отношению к сумме всех гуанинов и тиминов или наоборот (гуанинов и тиминов по отношению к сумме всех цитозинов и аденинов):

  $MKskew=\frac{M-K}{L}$

  где $M$ есть сумма всех цитозинов и аденинов, тогда как $K$ есть сумма всех гуанинов и тиминов.

См. также

• Полимеразная цепная реакция

Ссылки

• Таблица GC-состава для бактерий
• GC-состав для бактерий на сайте NCBI.
• GC-состав для разных видов.